Giuliano intendeva costruire una corte sul tipo di quelle dei signori dell’Italia centrale; lo spazio della città medioevale, il fittissimo tessuto di vicoli e case alte, doveva essere aperto per dare spazio alla nuova reggia.

Pertanto dal 1495 era avviata l’operazione con un’ampia acquisizione di terreni e case. L'area del nuovo palazzo includeva quelle appartenenti alla famiglia, con fra le altre quella diSisto IV presso il convento di San Francesco. Nel caso la scelta era quindi dettata da richiami “dinastici”, modellandosi sui palazzi cardinalizi di Roma sorti presso la chiesa del cardinale titolare.

L’area del palazzo veniva così a svilupparsi partendo dal convento di Sisto IV per una profondità di 70 metri sino ad affacciarsi alla via dei Nattoni (odierna via Pia, allora la più importante della città, sulla quale si affacciavano le principali consorterie savonesi con i loro palazzi).

Giuliano da Sangallo inizia a costruire una facciata ad ordini sovrapposti su modello albertiano (Palazzo Rucellai 1450) spartisce geometricamente la facciata su 3 piani; al piano terreno pone le sue paraste doriche in marmo bianco a spiccare sul fondo del paramento liscio della pietra nera a riquadri. Per essa recupera il bicromatismo del bianco e nero, tradizionale dell'architettura genovese, ma allo stesso tempo riferendolo al bicromatismo del bianco e verde toscano, ripreso dalla chiesa di Santa Maria delle Carceri di Prato, eseguita da Giuliano da Sangallo per Lorenzo de’ Medici.
Nel maggio 1496 Matteo dei Gaggini di Bissone realizza la facciata del palazzo Della Rovere sino al primo ordine.
Si tratta della facciata tutt’ora in situ, presente nell'alzato sino al primo ordine. Non è un'opera completa, a causa dell’interruzione dei lavori. Per questa interruzione, dovuta alla partenza di Giuliano per Roma dove sarebbe divenuto pontefice, è difficile comprenderne il disegno progettuale iniziale.

A riguardo notare le isolate colonne dell’ingresso, che nelle intenzioni originarie erano certamente parte di un diverso contesto completo di un blasone, probabilmente classicheggiante; in questo modo sarebbe stata recuperata così l’idea innovativa già utilizzata da lui nella Villa Medici a Poggio Caiano, di un timpano decorato.

Poiché al primo ordine manca la cornice, tra i vari studiosi dell'opera, Fiore ha supposto che nel progetto fosse prevista qui una balconata sotto le finestre del piano nobile.

In ultimo il palazzo non fu realizzato come doveva essere nelle idee del proprietario. Esso venne bruscamente interrotto quando, mutate le parti politiche dominanti a Roma, GIuliano recuperò con successo la città Eterna salendo al soglio pontificio come papa Giulio II.

Il ritorno a Roma di Giuliano determinò la fine dell’esperimento rinascimentale savonese, comportò un nuovo disinteresse per la città di provincia.

Divenuto pontefice come Giulio II il palazzo savonese venne trascurato, l’ampliamento non procedette, gli acquisti di terreni si fermarono, e la appena iniziata corte cardinalizio-signorile venne a poco a poco riassorbita nel fitto tessuto medieovale.
La facciata su Piazza del Duomo venne decorata posteriormente ad affresco.
Certamente il progetto iniziale non prevedeva tale decorazione, in quanto non in uso nel tempo, ma venne eseguito trasgredendo il progetto anche per mantenere i costi contenuti.